청국장은 영양분이 많고 소화가 잘 되는 식품이다. 배양균을 첨가하면 하루 만에 만들어 먹을 수 있다. 자연발효에 의한 청국장은 메주콩을 10∼20시간 더운 물에 불렸다가 물을 붓고 푹 끓여 말씬하게 익힌 다음 보온만으로 띄운 것이다. 그릇에 짚을 몇 가닥씩 깔면서 퍼담아 60 ℃까지 식힌 다음 따뜻한 곳에 놓고 담요나 이불을 씌워 보온하면 바실러스균이 번식하여 발효물질로 변한다. 바실러스균은 40∼45 ℃에서 잘 자라며, 발암물질을 감소시키고 유해물질을 흡착해서 몸 밖으로 배설시킨다. 바실러스균은 공기 중에도 많이 있지만 볏짚에 많이 들어 있으므로 청국장을 띄울 때 콩 사이사이에 볏짚을 넣고 띄우면 매우 잘 뜬다.